Фамилия Вандаркин — одна из тех, где корень звучит не по-русски, а суффикс — свой, родной. Основа «Вандарк» скорее всего восходит к западноевропейскому имени или прозвищу. Самый вероятный источник — нидерландское или фламандское van der …, то есть «из (такого-то места)». В таком случае Вандарк — это русифицированная запись голландской фамилии Van der Kerk (или Van der Kerkhof), что значит «из церкви» или «с церковного двора». В России в XVIII–XIX веках было много выходцев из Голландии и немецких земель, и их фамилии часто переделывали на русский лад, отбрасывая артикль или соединяя части в одно слово.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вандаркин — «сын Вандарка» или «человек из семьи Вандарков». Модель типична для русских фамилий, образованных от иностранных основ: так же появились Шмидтин, Гофманов, Лейкины. Если бы фамилия была исконно русской, мы бы искали корень в диалектном «вандал» или «вандыш» (мелкая рыба), но звучание и редкость фамилии говорят в пользу западного заимствования.

Географически Вандаркины встречаются в основном в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает версию о переселенцах: в этих регионах в XVIII веке селили иностранных специалистов — врачей, инженеров, мастеровых. В отличие от дворянских фамилий с приставкой фон, Вандаркин — фамилия разночинная или мещанская, её носители скорее всего были людьми практических профессий, связанных с городским бытом.

Вторую, менее вероятную версию предлагает анализ без привлечения голландского: прозвище Вандарка могло возникнуть от глагола «вандать» (в некоторых говорах — «медлить, возиться»). Но эта гипотеза слабая — ни в одном серьёзном ономастическом словаре (Унбегаун, Никонов) такой основы для фамилий не зафиксировано, а в говорах слово редкое и локальное. Так что голландский след остаётся главным, хоть и требует допущения, что фамилию записывали на слух, без знания исходного написания.