Фамилия Ванеева — одна из тех, что образована от просторечной, «домашней» формы крестильного имени. В её основе лежит имя Ваней, которое было распространённой народной переделкой канонического Иван. Суффикс -ев (вместо более частого -ов в фамилиях на твёрдый согласный) подсказывает, что исходное прозвище или неофициальное имя оканчивалось на мягкий звук: Ваней. Так на Руси могли называть младшего сына, любимца или просто человека, которого в быту отличали от других Иванов ласковым окончанием.

Словообразовательная модель проста: к основе Ваней- добавили притяжательный суффикс -ев, и фамилия стала означать «сын Ванея» или «из семьи Ванея». Со временем она закрепилась за потомками, передаваясь уже как наследственное родовое прозвание. По типу фамилия относится к древнейшей группе русских фамилий на -ев/-ов, которые в XVI–XVII веках получали в основном крестьяне и посадские люди — дворянские роды чаще оформляли фамилии через -ский или -ич.

Интересная деталь: имя Ваней не стоит путать с украинским или белорусским Ваней — в русской северной и северо-восточной традиции такая форма встречалась реже, чем более привычный Ваня. Поэтому фамилия Ванеев (и её женский вариант Ванеева) географически тяготеет к регионам, где сохранялись архаичные варианты личных имён, — например, к Вятке, Пермскому краю или Архангельской области. Там в переписных книгах XVII века можно встретить крестьян с пометкой «Ванейко» или «Ваней», что и стало основой для будущей фамилии.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования описаны как типичные для восточнославянской ономастики: уменьшительные формы на -ей (Миней, Петрей, Ваней) давали фамилии с тем же суффиксом. Так что носитель фамилии Ванеева — потомок человека, которого в своём окружении звали не полным церковным именем, а по-свойски, ласково: Ваней.