Фамилию Ванеев образовали от имени Ваней — просторечной, уменьшительной формы имени Иван. На протяжении нескольких столетий, с XVI по XIX век, имя Иван оставалось самым частым у русских: среди крестьянства оно охватывало от 15 до 25% всех мужчин. Неудивительно, что именно от него возникло множество производных форм, которые затем легли в основу фамилий. Ванеев — одна из таких моделей, где суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Ванея».

Само имя Иван исторически восходит к каноническому Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Иногда можно встретить версию, будто имя происходит от прародителя славян Вана, а всех славян в древности называли «ванами». Однако эта гипотеза не выдерживает критики: лингвисты связывают имя Иван напрямую с библейским Иоанном, а славянское «в» на месте греческого «ио» — результат обычного фонетического перехода в народной речи (сравните: Иван — Ваня).

Фамилии, образованные от производных форм имени Иоанн, очень распространены у русских, украинцев и белорусов. В старину Иваном звали каждого четвертого крестьянина, поэтому и однофамильцев с корнем Иван-/Ван- тысячи. Один из небесных покровителей имени — архиепископ Константинопольский Иоанн Златоуст, что придавало имени дополнительный вес в православной среде.

География фамилии широкая, но заметна её привязка к северным и волжским регионам. В Книге памяти Пермской области записан Ванеев Аксен Андреевич (р. 1886) из деревни Большое Ванеево Макарьевского района Кировской области. Само название деревни — верный признак, что фамилия здесь укоренилась давно. В Книге памяти Ленинградской области упоминается Ванеев Владимир Викторович (р. 1894) из Вологды, а в Книге памяти Алтайского края — Ванеев Карп Евдокимович (р. 1890) из Барнаула. Последний пример — результат переселенческих движений начала XX века, когда крестьяне с Вятки и Севера осваивали Сибирь.

Среди известных носителей — Анатолий Александрович Ванеев (1872–1899), активный участник революционного движения. В 1899 году он подписал составленный В. Лениным «Протест российских социал-демократов», направленный против «экономистов». Ванеев умер в ссылке от туберкулёза, не дожив до тридцати лет. Его фамилия — ещё одно напоминание о том, насколько обычное, казалось бы, «ивановское» происхождение может сочетаться с яркой исторической судьбой.