Фамилия Ванехин по своему происхождению — типичная «патронимическая», то есть образованная от имени отца. В основе лежит неканоническая, народная форма имени Иван — Ванеха. Имя Иван (от канонического Иоанн) означает «милость Божья», но в русском быту оно дало десятки уменьшительных и просторечных вариантов: от привычных Ваня и Ванечка до Ванюги, Ваняты и, наконец, Ванехи.

Суффикс -ех- в имени Ванеха — редкий и выразительный. Он встречается в некоторых западнорусских и псковских говорах, где придавал имени оттенок фамильярности или пренебрежения (сравните: Михей — от Михаил, или Петеха — от Пётр). В отличие от нейтрального суффикса -к- (Ванька), форма на -ех- звучала грубовато, по-деревенски, и могла закрепиться за человеком с определённым характером.

Фамилия образовалась по стандартной модели русского языка: к основе Ванех- добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Ванехин). В документах фамилия фиксируется с XVII–XVIII веков, когда крестьянам и посадским людям начали массово присваивать фамилии по имени отца. Встречается она преимущественно в северных и центральных регионах России, где прижились диалектные формы имени Иван.

С точки зрения словообразования, фамилия Ванехин стоит в одном ряду с такими редкими вариантами, как Алехин (от Алексей), Михеин (от Михаил) или Серёхин. Все они образованы от нестандартных просторечных форм, которые не вошли в литературный язык, но сохранились в фамилиях как памятник живой народной речи.