Фамилия Ванеркова — женская форма от Ванерков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Ванерко. В основе, скорее всего, лежит диалектное слово «ванерка» или «ванер». В некоторых северных и сибирских говорах «ванером» называли валяную шерстяную обувь (что-то вроде валенка или чулка из овечьей шерсти), а в псковских и тверских говорах «ванерка» — это вид рукавицы. Таким образом, Ванерко — человек, который либо валял такую обувь, либо торговал ею, либо сам носил и получил прозвище по характерной детали одежды. Связь с шерстяным промыслом — самая прямая версия.

Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорскими корнями. В карельском и вепсском языках есть слова, звучащие похоже и означающие «медленный» или «вялый». Если предки Ванерковых жили на Русском Севере, в зоне контакта с прибалтийско-финским населением, прозвище могло быть заимствовано. Однако для фамилии, оформившейся в русской среде, более надёжным объяснением остаётся ремесленная или бытовая основа.

Суффикс -ков указывает на принадлежность: Ванерков — сын Ванерка. Это типичная модель для русских фамилий, особенно распространённая в центральных и поволжских регионах. Поскольку фамилия редкая и не встречается среди дворянства или купечества первых гильдий, её носители, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей. В дореволюционных метрических книгах Ванерковы встречаются в основном в Вятской губернии и на Урале — в тех краях, где валяльный промысел был особенно развит.

Фамилия Ванеркова — наглядный пример того, как прозвище по ремеслу или предмету быта закреплялось в роду и переходило в фамилию, минуя стадию имени в святцах. Спорных версий здесь немного, и самая логичная — из шерстяного дела.