Фамилия Ванидзе — одна из тех, что с первого взгляда выдают грузинское происхождение. Её выдают не только корень, но и характерный суффикс -дзе, который в грузинской ономастике означает «сын» или «потомок». Если переводить буквально, Ванидзе — это «сын Вани», где Вани — сокращённая или народная форма от полного имени Иван. В грузинском языке имя Иван звучит как Иванэ, а уменьшительно-ласкательные варианты вроде Вано или Вани дали начало целому ряду фамилий: Ванишвили, Ванадзе, Ванидзе. Так что в основе фамилии лежит распространённое крестильное имя, которое пришло на Кавказ вместе с христианством.

Суффикс -дзе — самый массовый в западной Грузии, особенно в регионах Гурии, Имеретии и Аджарии. Фамилии на -дзе встречаются и в восточных областях, но там их меньше. Ванидзе — типичный пример западно-грузинской модели, где фамилия указывала не на профессию или прозвище, а на родство по отцу. В прошлом такие фамилии закреплялись за крестьянами и мелкими дворянами, но в Грузии сословные границы не были жёсткими, и одна и та же фамилия могла встречаться у разных слоёв населения.

С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна: основа Вани (от Иванэ) плюс патронимический формант -дзе. Никакой спорной этимологии здесь нет, хотя иногда Ванидзе ошибочно связывают с грузинским словом «вани» (лоза, виноградник). Это правдоподобно лишь на уровне народной этимологии: виноград в Грузии — символ плодородия, но фамилии от названий растений обычно образуются по-другому, с суффиксами -швили или -ури. Версия с именем Иван остаётся основной и подтверждается массовостью параллельных форм.

В России фамилия Ванидзе встречается редко, в основном у потомков грузин, переселившихся в XIX–XX веках. В самой Грузии она не входит в число самых распространённых, но узнаваема. Носители фамилии могли быть как крестьянами, так и священниками — имя Иван в Грузии было популярно именно в церковной среде. Никаких уникальных исторических сведений о древности рода Ванидзе нет, но сам факт, что фамилия сохранила архаичную форму имени (Вани, а не Вано), говорит о её давнем бытовании в устной традиции.