Фамилия Ванифантиева — редкий пример того, как церковное имя обрастало просторечными вариантами, а затем закрепилось в документах в почти неузнаваемом виде. В основе лежит крестильное имя Иоаннафа́н (от древнееврейского «Бог дал»), которое в русской традиции превратилось в Иван. Но путь фамилии был сложнее: от Иоаннафана через форму Ванифатий (с утратой начального «ио») к уменьшительному Ванифантий — так в быту могли называть человека, носившего полное имя. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Ванифантиева — дочь или жена Ванифантия.

Такой способ образования — от разговорной, а не канонической формы имени — встречается нечасто. Обычно фамилии от Иоаннафана дают Иоаннафановы или Анафановы, но здесь сработала народная этимология: имя переосмыслили как более привычное Ванифатий (сравните с Ванифатьев). Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Ванифа́нтиева.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где в переписных книгах XVII–XVIII веков фиксировались крестьяне и посадские люди с именем Ванифантий. В дворянских родословных она не встречается — это фамилия простонародная, чаще всего однодворческая или крестьянская. В современной России носителей мало, фамилия находится на грани исчезновения.

Единственная особенность написания — окончание -ева, а не -ова, что подтверждает основу на мягкий согласный. Если бы фамилия произошла от прозвища, а не от имени, суффикс был бы другим. Здесь же всё прозрачно: перед нами отчество в полной форме, застывшее в родовом обозначении.