Фамилия Ванюка — редкий случай, когда при разборе нужно смотреть не на корень, а на суффикс. Основа здесь прозрачна: это украинская или белорусская форма имени Иван — Ванюк, Ванько. Но вот окончание -а меняет дело. В украинском языке суффикс -ук/-юк указывает на «внука» или «потомка»: Ванюк — «маленький Иван» или «сын Ивана». А фамилия Ванюка — это уже русифицированная форма, где украинское окончание -ук приспособили к русской модели склонения, добавив -а. Так писали в документах, когда переписчики или сами носители фамилии «обрусевали» её, чтобы она склонялась как обычное существительное.

Такая модель встречается в южнорусских и украинских регионах, особенно в бывших казачьих землях. Если предки носили фамилию Ванюка, скорее всего, они жили на границе украинских и русских территорий — в Слобожанщине, на Кубани или в Воронежской губернии. В отличие от чисто украинских фамилий на -ук, которые не склоняются, Ванюка в русском языке ведёт себя как обычная фамилия: «Ванюки», «Ванюке».

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «ванюка» могло быть прозвищем — от глагола «ванить» (пахнуть, вонять) или от диалектного «ваня» (брюква). Но это маловероятная версия, так как прозвище с таким корнем встречается реже, чем производное от Ивана. Имя Иван было настолько распространено, что его уменьшительные формы дали десятки фамилий: Иванов, Иванюк, Ваньков, Ванюшкин. Ванюка стоит в этом ряду как региональный вариант, закрепившийся на стыке двух языковых традиций — украинской и русской.

Фамилия редкая, в дореволюционных списках почти не фиксируется. В советское время её могли записать по паспорту уже как Ванюка, без вариантов. Сословной привязки нет: такую фамилию могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане.