Фамилия Ванека — редкий пример фамилии, образованной не от полного имени, а от его уменьшительно-ласкательной формы с необычным суффиксом. В основе лежит имя Иван, которое в русском языке дало десятки производных: Ваня, Ванечка, Ванюша, а также диалектные и просторечные варианты вроде Ванека. Суффикс -ек- в данном случае — не уменьшительный (как в «Ванечка»), а скорее разговорный, характерный для северо-западных говоров и некоторых польских влияний. В польском языке суффикс -ek как раз образует уменьшительные имена (Janek от Jan), и фамилия Ванека могла возникнуть на стыке русской и польской традиций: либо как русифицированная форма польского Ванек, либо как самостоятельное русское прозвище.

Модель образования проста: прозвище Ванека (или Ванек) закрепилось за конкретным человеком, а затем перешло к его потомкам без дополнительных суффиксов — в отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин. Такая «голая» форма (без патронимического окончания) указывает, что фамилия могла сложиться в среде, где фамилии ещё не были стандартизированы: среди крестьян, мещан или казаков. Географически фамилия встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине — в зоне контакта с польским языком. В центральных и северных областях России она крайне редка.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Ванека стоит особняком. Более распространённые Ванеев, Ванин, Ванечкин — все они образуются по типичной русской модели (суффикс принадлежности), а Ванека обходится без неё. Это даёт основание предполагать, что фамилия могла возникнуть не из отчества, а из прозвища, которое дали человеку за какую-то черту или привычку, связанную с именем Ваня, — например, «Ванека» как шутливое обращение к простоватому или молодому парню.

Точных сведений о сословной принадлежности первых носителей нет, но по косвенным данным (редкость, отсутствие дворянских упоминаний) можно говорить о крестьянском или мещанском происхождении. Фамилия не фиксируется в дореволюционных справочниках титулованных родов, что подтверждает её «низовое» бытование.