Фамилия Ванюта образована от уменьшительной формы имени Иван, а точнее — от его производной Ванюта. В основе лежит церковное имя Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Механизм появления фамилии прост: на Руси крестильное имя Иван было невероятно популярным, поэтому от него возникло множество обиходных, «домашних» вариантов — Ивась, Иваш, Ваня, Ванюта, Ванята, Ванюга, Вантей, Вантора, Вантяха, Ванура, Ванчуг, Ванчура, Ванька, Ванько. Часть из них и закрепилась в качестве фамилий.

Обратите внимание на суффикс -ут-. В русской антропонимии он встречается реже, чем, скажем, -к- или -ш-, и придаёт имени оттенок ласкательности. Фамилии на -ута (Ванюта, Костюта, Мишута) чаще встречались в южных и западных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Украины и Беларуси. Это не строгое правило, но характерная региональная примета: в северных и центральных губерниях предпочитали суффиксы -к- (Ванька, Ванькин) или -ш- (Ванюшин).

Фамилия Ванюта — типичный пример «полуотчества»: она не указывала прямо на отца (как Иванов), а фиксировала обиходное прозвище самого человека. Предка, которого в семье и в деревне звали Ванютой, в документах записали как Ванюта, а его дети и внуки уже получили неизменяемую фамилию. Раз фамилия не имеет дворянского суффикса -ский и не заканчивается на -ов/-ев, можно предположить, что её носители относились к крестьянскому или мещанскому сословию — именно в этих средах чаще всего закреплялись «именные» фамилии без дополнительных родовых формантов.