Фамилия Ванютин образована от просторечной формы крестильного имени Иоанн — Ванюта. Это один из тех случаев, когда суффикс -ин указывает на принадлежность: Ванютин буквально означает «сын Ванюты». Ванюта, в свою очередь, — это уменьшительная или, скорее, обиходная форма имени Иван, самого распространённого на Руси. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных или усечённых форм (Иванов, Ваньков), суффикс -ин в фамилиях типа Ванютин, Петин или Мишин закрепился за основами, оканчивающимися на -а или -я.

Интересно, что форма Ванюта менее типична для центральных областей России, где преобладали Ванька или Ваня. Она характерна для северных и северо-восточных говоров, где суффикс -ут(а) придавал имени оттенок ласкательности или, наоборот, просторечной фамильярности. Сравните: Ванюта, Мишута, Костюта. Встречается эта модель и в украинской ономастике, но в русской среде фамилия Ванютин — явный след переселенцев из Поморья или Вятки.

По сословной принадлежности Ванютины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В документах XVII–XVIII веков, например в переписных книгах, нередко встречаются записи вроде «крестьянин Ванюта Иванов» — то есть имя Ванюта использовали как мирское, а фамилия закрепилась уже за потомками. Таким образом, предок носителя этой фамилии мог быть просто Ванютой — человеком, которого в деревне звали не по отцу, а по домашнему имени, и это прозвище перешло в фамилию.

Распространена фамилия неравномерно: чаще встречается в Кировской, Архангельской областях и в Удмуртии, что подтверждает её северное происхождение. В южных регионах она редка. Есть и вариант Ванютин с ударением на первый слог, но нормативное произношение — на второй: Ваню́тин. Ошибки в написании редки, но иногда путают с Ванютиным или Ванютиным — последнее может быть самостоятельной фамилией от имени Ванюта с другим суффиксом.