Фамилия Вапоо — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, но происхождение корня при этом остаётся загадкой. В русском языке нет ни слова «вапо», ни близких к нему корней. Это сразу указывает, что фамилия, скорее всего, иноязычная. Вероятнее всего, она неславянская и могла попасть в русский обиход через тюркские, финно-угорские или кавказские языки, где удвоенные гласные на конце — не редкость.

Если отбросить версию о случайной описке или искусственном создании (такое бывает у потомков иностранцев, адаптировавших фамилию под русскую графику), то основа «Вапо» может восходить к тюркскому личному имени или прозвищу. В тюркских языках корень «вап» (или «ваб») встречается в значениях «отец», «предок», «старший». В этом случае суффикс «-о» мог быть русифицированным окончанием, которое позже закрепилось в паспортах. Другая возможность — финно-угорское происхождение: в коми или удмуртском языке есть слова, звучащие как «вап» (в значении «пена», «накипь»), но такое прозвище было бы скорее описательным, а не именным.

Словообразовательная модель у фамилии простая: основа «Вапо» плюс нулевое окончание. Она не склоняется как типичная русская фамилия на -ов или -ин, что выдаёт её позднее закрепление или нерусское происхождение носителя. Встретить её можно в единичных случаях, чаще всего в записях XX века, когда паспортизация фиксировала фамилии в том виде, в каком их произносили. Поиск по базам данных показывает, что Вапоо — фамилия штучная, почти не имеющая географического распространения. Это значит, что её носители, скорее всего, происходят из одной семьи или даже от одного человека, который получил такую запись при оформлении документов.

Таким образом, фамилия Вапоо — это осколок чужого языка, записанный русскими буквами. Точное значение восстановить трудно, но наиболее правдоподобная версия — тюркское именование по отцу или старшему родственнику. Без дополнительных генеалогических данных (регион, национальность предков) определить точнее не получится.