Фамилия Вараненкин — редкая и нестандартная по своей модели. В русском языке фамилии, оканчивающиеся на -енкин, встречаются заметно реже, чем на -ин или -ов. Обычно формант -енкин указывает на происхождение от личного имени или прозвища, оканчивающегося на -еня или -ена. То есть в основе лежит имя или прозвище Вареня (или Вараненя), от которого с помощью патронимического суффикса -ин и образовалась фамилия: Вараненя → сын Варанени → Вараненкин. Суффикс -к- в данном случае смягчает основу и характерен для северных и северо-западных русских говоров, где такие формы (типа Феденкин, Степаненкин) встречаются чаще.

Корень «варан-» вызывает вопросы. Самое прямое объяснение — связь с диалектным словом «варан» или «воран». В некоторых русских говорах (особенно на севере и в Сибири) «вараном» называли большую ящерицу, но для прозвища это маловероятно. Гораздо убедительнее версия, что «Варан» — это вариант имени Варфоломей или Варахисий, сокращённый в бытовой речи до Вараня, Варан. В старых документах встречаются формы Вараня, Варанка, Варанко. Прозвище могли дать и по внешнему признаку — от слова «вороной» (чёрный), но с заменой гласной под влиянием аканья: ворона → варона, а затем Варан. В таком случае фамилия Вараненкин — это «внук Варана», то есть человека с чёрными волосами или смуглой кожей.

Географически фамилия привязана к центральным и северным областям России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с фамилией Вараненков (на -ов), что указывает на более южное происхождение. Форма на -ин — Вараненкин — типична для территорий, где господствовал «оканье» и патронимический суффикс -ин был продуктивнее. Скорее всего, предки носителя фамилии жили в Ярославской, Костромской или Вологодской губерниях, где такие модели широко бытовали.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская. Фамилии на -енкин редко встречаются у дворянства, которое предпочитало «благородные» окончания -ский или -ов. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Вараненкины числятся среди государственных крестьян и мещан небольших уездных городов. Никаких знаменитых носителей фамилия не дала, что только подтверждает её сугубо народное, бытовое происхождение.

В итоге: фамилия Вараненкин образована от прозвища или имени Варан (Вареня) с помощью редкого суффикса -енкин. Скорее всего, предок получил прозвище по цвету волос (вороной) или был носителем канонического имени Варфоломей в сокращённой форме. Фамилия сохранилась в северных и центральных губерниях, и сегодня её можно встретить в основном в Ярославской и Костромской областях.