Фамилия Варажун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или иранская, что сразу выделяет её из ряда типичных русских фамилий на -ов и -ин.

Ключ к разгадке — корень «вараж». В тюркских языках «вара» или «бар» может означать «есть, имеется», а «жун» (джун) — «душа, характер». Однако правдоподобнее версия, связывающая фамилию с древним иранским или осетинским словом «уарыг» (ворог) — «волк». В таком случае Варажун — это «волчонок» или «волчий», прозвище, которое давали смелому, хищному или одинокому человеку. В пользу этого говорит и то, что фамилии с корнем «вар» встречаются у народов Кавказа и Поволжья, где культ волка был распространён.

Суффикс «-ун» в русском языке часто образует прозвища от глаголов (бегун, крикун, говорун), указывая на характерное действие. Если принять эту модель, то «варажун» могло означать «тот, кто варажит» — то есть колдует, ворожит. Но в этом случае фамилия должна была бы закрепиться в форме Ворожун или Варажин. Форма «Варажун» с ударением на последний слог (как в тюркских языках) скорее подтверждает иноязычное происхождение.

География фамилии тоже необычна. Варажун — не частая фамилия, её можно встретить в Закавказье, на Северном Кавказе и среди армянской диаспоры. Встречается также вариант Варажунян, что прямо указывает на армянскую фамильную модель. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков эта фамилия не фиксируется, что говорит о её позднем и, вероятно, миграционном появлении в центральной России.

Социальная принадлежность предков-Варажанов остаётся загадкой. Это могли быть вольные крестьяне из южных губерний, казаки, или же переселенцы с Кавказа, получившие фамилию по прозвищу. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Варажун — не от имени и не от профессии, а от яркого, запоминающегося прозвища, которое дали одному человеку, а оно перешло его потомкам.