Фамилия Вардугины — редкий случай в русском ономастиконе, где за основу взято не прозвище или ремесло, а арабское имя Вардуг. В переводе с арабского оно значит «награда». Скорее всего, так называли долгожданного или единственного сына — первенца, которого вымолили у судьбы. Именно от этой личной формы через стандартный русский патронимический суффикс -ин и образовалась фамилия: Вардуг → Вардугин («чей?» — «сын Вардуга»).

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, в эпоху активного взаимодействия русских земель с тюркским и арабо-персидским миром. Многие выходцы из Золотой Орды, от печенегов или половцев поступали на русскую службу, крестились и получали земли. Их потомки нередко сохраняли родовые имена в качестве фамилий. Арабское имя Вардуг — прямое указание на то, что родоначальник Вардугиных был человеком восточного происхождения, возможно, знатного рода. В дворянской среде такие нерусские основы встречались часто: это считалось признаком древности рода и связи с «выезжими» предками.

Важно не путать фамилию с более частыми Вардамовыми или Вардиными. Суффикс -ин здесь указывает на прямое родство «по отцу», а не на принадлежность к месту или профессии. Сама основа Вардуг — не тюркская, а именно арабская, что делает фамилию Вардугины скорее памятником восточной письменности и исламской культуры, адаптированной на русской почве, чем типичным тюркским заимствованием.