Фамилия Вардугин образована от мужского имени Вардуг. Имя это древнее, арабского происхождения, и переводится на русский язык как «награда». Вероятно, такое имя давали долгожданным детям, особенно первенцам, которых родители считали высшей наградой. Фамилия образовалась по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который в данном случае указывает на принадлежность: «чей сын?» — Вардугин, то есть сын Вардуга.

В основе фамилии лежит не прозвище или ремесло, а личное имя, что говорит о глубокой древности корня. Арабские и тюркские имена нередко проникали в русскую среду через посредничество татар, особенно в эпоху Золотой Орды и последующих столетий. Однако в данном случае форма Вардуг не является широко распространённой в современных антропонимиконах, что делает фамилию Вардугин относительно редкой.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: основа (Вардуг) + патронимический суффикс (-ин). Это типичный способ образования русских фамилий от некалендарных или иноязычных имён. Фамилия не получила дополнительных суффиксов вроде -ов/-ев, что характерно для имён, оканчивающихся на согласный, но не на -о или -е.

Географически фамилия Вардугин с большей вероятностью встречается в регионах Поволжья или Приуралья, где исторически было сильным татарское и башкирское влияние, однако точных статистических данных по распространению нет. В дореволюционных источниках фамилия практически не фиксируется, что может указывать на её позднее оформление или на малочисленность рода.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Вардугин, Вардуков показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксальным оформлением, что говорит о разных диалектных или региональных вариантах записи одного и того же имени.