Фамилия Вардугина хранит память о происхождении человека, передаваясь из поколения в поколение. В её основе лежит древнее арабское мужское имя Вардуг, которое переводится на русский язык как «награда». Скорее всего, так назвали долгожданного ребёнка или первенца — имя выступало своего рода оберегом и пожеланием ценного дара судьбы.

Однако есть и вторая, менее вероятная, но не исключённая версия. Она связывает фамилию с топонимом Вардуга — поморским селом в Архангельской области. Если предок Вардугиных родился и жил в этом населённом пункте, фамилия могла закрепиться за ним по месту жительства. Такая модель образования фамилий от названий деревень и сёл характерна для русского Севера.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Вардуга). В женском роде фамилия звучит как Вардугина, в мужском — Вардугин. Если верить арабской версии, потомок человека по имени Вардуг со временем и получил эту фамилию. Топонимическая гипотеза объясняет её иначе: житель села Вардуга становился Вардугиным, а его дети и внуки уже носили фамилию по названию родового гнезда. Какая из версий верна для конкретной семьи — без генеалогического исследования сказать трудно, но обе имеют право на существование и делают историю фамилии объёмнее.