Фамилия Варкентинов — редкая и структурно необычная для русского ономастикона. Её основа, суффикс и звучание выдают в ней не исконно русское, а заимствованное происхождение, скорее всего, из немецкого или голландского языка, которое затем было адаптировано на русской почве с помощью стандартного патронимического суффикса -ов.

Разберём модель: корень «Варкентин» + суффикс -ов. Суффикс -ов (а не -ин) указывает на то, что фамилия образована от основы, оканчивающейся на согласный. Сама основа «Варкентин» — это, вероятнее всего, вариант немецкой фамилии Warkentin или Warckentin. Такая фамилия распространена среди меннонитов — этноконфессиональной группы немецкого происхождения, которая в XVIII–XIX веках переселялась в Российскую империю (в Поволжье, Новороссию, Сибирь). Многие меннониты носили фамилии, оканчивающиеся на -tin, -in, которые восходят к старым нижненемецким или фризским именам.

Значение корня Warkentin чаще всего возводят к древнегерманскому личному имени Werken (или Werko) с уменьшительным суффиксом -tin. Таким образом, Warkentin — это «маленький Верко» или «потомок Верко». Имя Верко, в свою очередь, могло быть производным от германского корня *wer- («человек», «мужчина») или от глагола werken («работать»). Вторая версия связывает фамилию с прозвищем по роду занятий: от средне-нижненемецкого wark («работа») — то есть «работник», «труженик».

Когда носитель такой фамилии (например, меннонит или немецкий колонист) оказывался в русскоязычной среде, его фамилию русифицировали, добавив окончание -ов. Так Warkentin превратился в Варкентинов — по модели «Иван — Иванов», «немец — Немцов». То есть фамилия Варкентинов означает не «сын Варкентина», а «сын того, кто носил фамилию Варкентин». Это типичный случай адаптации иноязычной фамилии к русской грамматике.

Встречается фамилия и в форме Варкентин (без суффикса -ов) — такая запись сохраняет исходный немецкий облик. Географически Варкентиновы тяготеют к югу России и Сибири, где исторически селились меннонитские общины. Сословно предки скорее всего были крестьянами-колонистами или ремесленниками, а не дворянами. Фамилия редкая, в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается именно из-за своего нерусского корня, но хорошо известна в региональной ономастике Западной Сибири и Оренбуржья.