Фамилия Варкетин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней сразу обращает на себя внимание суффикс -ин, который в русских фамилиях чаще всего указывает на принадлежность: «чей?» — Варкетина, то есть сын или потомок человека по прозвищу Варкета. Основа «Варкет-» явно нецерковная и неканоническая, что отсылает нас к прозвищному миру Древней Руси.

Скорее всего, в основе лежит диалектное или профессиональное слово. Одна из наиболее правдоподобных версий связывает фамилию с глаголом «варганить» — в просторечии «делать, мастерить, сочинять на ходу». В некоторых говорах «варкета» или «варга» могло означать «шум, гам, суета», а сам «варкета» — человек суетливый, непоседливый или, наоборот, мастер на все руки, который «варганит» что-то необычное. В этом случае фамилия образована от прозвища, данного по характеру или роду занятий.

Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорскими языками, особенно если учесть, что фамилия могла возникнуть на севере или северо-востоке России. В карельском и вепсском есть слово «varkas» — «вор» (сравните с финским «varas»). Тогда «Варкета» — это прозвище, данное за неблаговидный поступок, но не обязательно буквально. В прозвищной культуре такие имена часто давали «от противного», чтобы обмануть злых духов, или как шутливое прозвище ловкому человеку.

Встречаются и варианты написания — Варкетин или Воркетин, что связано с диалектной акающей или окающей манерой произношения. В дореволюционных переписях, например, в Вологодской или Архангельской губерниях, можно найти следы подобных фамилий, что подтверждает северное происхождение. Сословной принадлежности у Варкетиных, скорее всего, не было: это крестьянская или посадская фамилия, возникшая в среде простых людей, где прозвища давали по самому яркому внешнему или внутреннему качеству.