Фамилия Варлахина образована от имени Варлаха — производной формы крестильного мужского имени Варлаам. В переводе с халдейского языка это имя означает «сын народа». Именно этот корень — основа, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Варлахов», то есть сын, потомок Варлаха. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я.

В истории христианства известно восемь святых с именем Варлаам. Один из них, Варлаам Серпуховской, был строителем и первым настоятелем Владычнего монастыря в Серпухове. Ещё при жизни он имел дар чудотворения и удостоился видения Матери Божией. Прославленный в лике святых, он и сегодня привлекает множество паломников: более 500 лет люди приезжают в монастырь поклониться его мощам и получают исцеления от беснования, рака, пьянства и других болезней.

Скорее всего, основатель рода Варлахиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды — фамилия не относится к дворянским, а её распространение говорит о народных корнях. Таким образом, потомок человека по имени Варлах со временем получил фамилию Варлахина.