Фамилия Варлахова — женская форма, а мужская, Варлахов, образована по простой и распространённой модели: к основе Варлах добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Варлаха). Сама основа Варлах — это разговорный или диалектный вариант крестильного имени Варлаам.

Имя Варлаам пришло на Русь из греческого языка вместе с христианством. Его носил, например, преподобный Варлаам Хутынский, один из самых почитаемых новгородских святых. В народной речи длинное и непривычное имя сокращали и переделывали на свой лад: Варлам, Варлаха, Варлашка. Форма Варлах возникла в тех говорах, где конечный -а в имени мог заменяться на -х под влиянием других обиходных имён (вроде Пётр — Петруха, Михаил — Михал). Так Варлам превратился в Варлаха, а потом и в фамилию.

Встречаются и другие варианты написания — Варлахов, Варлаков. Они возникли из тех же корней, но с разными суффиксами. Варлахова — самая редкая из них, но её география широка: носители встречаются и в центральных областях России, и на Урале. В дореволюционных переписях эта фамилия нередко попадалась среди крестьян и мещан, особенно в тех регионах, где было сильно почитание святого Варлаама — в Новгородской и Псковской губерниях.

Интересно, что имя Варлаам в старину давали нечасто, поэтому и фамилия Варлахова — не массовая. Она остаётся своего рода маркером: если предок носил такое имя, значит, в семье хранили память о святом или просто следовали традиции называть детей по святцам, не поддаваясь моде на более ходовые имена.