Фамилия Варлаханов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней слышится что-то восточное, но при разборе по составу выясняется, что корень, скорее всего, греческий, а суффикс — русский, что указывает на сложную историю её носителей.

В основе фамилии лежит каноническое мужское имя Варлаам (Варлам), которое пришло на Русь из Византии вместе с христианством. Греческое Βαρλαάμ означает «сын народа» или, по другой версии, восходит к арамейскому «бар-лахам» — «сын народа». В просторечии имя часто сокращали и переделывали: Варлаха, Варлашка, Варланя. Именно от формы Варлаха и образована фамилия Варлаханов.

Модель образования — типичная русская: к основе Варлаха- добавился суффикс принадлежности -нов (фонетический вариант -ов после шипящего). Буквально фамилия означает «Варлаханов сын», то есть потомок человека по имени Варлаха. Суффикс -ан- в уменьшительно-ласкательной форме имени (Варлам → Варлаха → Варлахан) встречается нечасто, что и делает фамилию непохожей на массовые Варламовы или Варлашкины.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где имя Варлаам было особенно распространено среди старообрядцев и казачества. Варлаам — один из почитаемых святых в старообрядческой традиции, поэтому предки Варлахановых могли быть староверами, переселившимися на окраины государства в XVII–XVIII веках.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «варлах» (беглец, бродяга). Но она не выдерживает критики, поскольку фамилия имеет стандартный русский суффикс -ов, а тюркские прозвища обычно давали основы без уменьшительного суффикса -ан. К тому же форма Варлаханов — это почти всегда патроним от имени, а не от прозвища.

Таким образом, Варлаханов — это фамилия-патроним, образованная от просторечной формы имени Варлаам. Носители её, скорее всего, потомки человека по имени Варлаха, жившего в среде, где греческое имя сохраняло популярность дольше, чем в центральных губерниях.