Фамилия Варсунин — одна из тех, где на первый взгляд ясна основа, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько версий происхождения. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Варсунин — это «чей?» — сын Варсуни. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Варсуня.

Самая прямая версия ведет к просторечной форме крестильного имени Варсонофий. В русской народной традиции длинные имена часто усекали, добавляя ласкательный суффикс: Варсонофий превращался в Варсуню. Имя Варсонофий имеет греческие корни и означает «бдительный» или «зоркий». В святцах оно встречается, но было нечастым, что делает фамилию довольно редкой.

Вторая, менее очевидная, но возможная версия — от прозвища, связанного с глаголом «варганить». В диалектах «варсунить» могло означать «делать что-то небрежно, на скорую руку» или «шалить, проказничать». Прозвища на -уня (Варсуня) нередко давали человеку с определенным поведением или манерой работы. Однако эта версия уступает первой по убедительности, так как имя Варсонофий надежнее объясняет модель образования.

Особенность фамилии — в её региональной привязке. По данным исторических актов и переписей, Варсунины встречаются в основном на Русском Севере и в Поволжье, где имя Варсонофий было более употребительно. В частности, в Вологодской и Архангельской губерниях фамилия фиксируется с XVII века, что подтверждает её древность и связь с севернорусской традицией именования.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Варсонофьев, Варсуков — показывает, что Варсунин стоит ближе к народной, разговорной форме. Если Варсонофьев — это книжный, полный вариант, то Варсунин — «домашняя» фамилия, возникшая в крестьянской или посадской среде, где имя сокращали для удобства. Таким образом, предки современных Варсуниных могли быть либо северными крестьянами, либо горожанами, носившими имя Варсонофий в его просторечном варианте.