Фамилия Васунин — одна из тех, что образованы напрямую от разговорной формы крестильного имени. В её основе лежит имя Васуня, которое, в свою очередь, является производным от канонического имени Василий. С греческого Βασίλειος переводится как «царский, царственный».

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Васунин буквально означает «сын Васуни» или «из дома Васуни». Это типичная русская патронимическая модель, в отличие от -ов/-ев, и встречается она реже. Если бы фамилия образовалась от полной формы имени, мы бы имели дело с Васильевым. Вариант Васунин говорит о том, что в быту предка звали именно ласково-уменьшительно — Васуня.

Частотность самого имени Василий в святцах действительно высока: в православной традиции известно более тридцати святых покровителей. Среди них и святой мученик Василий Афинянин, и мученик IX века Василий Анкирийский, и новгородский святитель Василий Блаженный, совершивший подвиг юродства. Такое обилие именин в году делало имя одним из самых распространённых на Руси, что и породило множество производных фамилий.

Географически фамилия Васунин не привязана к какому-то одному региону, но встречается заметно реже, чем однокоренные Васильевы или Васькины. Это объясняется именно редкостью формы Васуня — она бытовала в определённых говорах и семейных традициях, не став повсеместной.

Итог прост: потомок человека по имени Васуня со временем получил фамилию Васунин. Никакого иного, не связанного с именем Василий, корня у неё нет.