Фамилия Вартикьян — армянская по происхождению, и её разумнее всего разбирать в контексте армянской ономастики, а не русской. Основа фамилии — Вартик, уменьшительная форма армянского имени Варт (от «вард» — роза). Суффикс -ян (в старой орфографии -ьянц) — типичный армянский патронимический показатель, означающий «принадлежащий к роду» или «сын такого-то». Таким образом, Вартикьян буквально переводится как «из рода Вартика» или «потомок маленькой розы».

В армянской традиции имена с корнем «вард» (роза) — Варт, Вардуи, Вартитер — были широко распространены, особенно среди женщин. Но фамилия Вартикьян могла образоваться и от мужского имени Вартик, которое в диалектах иногда давали как ласкательное. Встречается и версия, что основа связана не с цветком, а с топонимом — например, с названием села Вартик в исторической области Западной Армении (ныне на территории Турции). В таком случае фамилия указывала бы на выходца из этого села. Обе гипотезы правдоподобны, но первая (от имени) встречается чаще в армянских фамилиях с суффиксом -ян.

Написание через «ья» — Вартикьян, а не Вартикян — отражает старую орфографическую норму, принятую в Российской империи для передачи армянского суффикса -յան. В современном армянском языке фамилия пишется как Վարդիկյան (Вардикян), но в русском закрепился именно вариант с твёрдым знаком и «ья». Это типичная черта для фамилий армян, переселившихся в Россию в XIX — начале XX века: написание законсервировало дореформенную графику.

Носители фамилии Вартикьян — это, скорее всего, потомки армян из Западной Армении или из регионов, где был распространён диалект с формой «Вартик» вместо литературного «Вардик». Встречается фамилия в среде армянской диаспоры в России, Грузии, а также в странах Ближнего Востока и Европы. Среди известных носителей — представители интеллигенции, врачи, инженеры, но широкой публичной известности фамилия не получила, что типично для многих армянских родов, не связанных с политикой или искусством.