Фамилия Варякишева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, нужно обратиться к модели образования и возможным прозвищам, которые легли в основу.

Словообразовательный анализ указывает на суффикс -ев-, который в русских фамилиях обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й. Основа здесь — «Варякиш». Скорее всего, это прозвище или вариант личного имени. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с этнонимом «варяг». В древнерусском языке так называли скандинавов, наёмных воинов или купцов из Скандинавии. Прозвище Варяг или его уменьшительная форма Варяка, Варяк могли дать человеку, который был похож на скандинава внешне (например, светловолосый и голубоглазый), имел с ними какие-то дела или отличался воинственным нравом. Форма «Варякиш» — это, по всей видимости, диалектный или просторечный вариант с суффиксом -иш-, который мог придавать прозвищу уничижительный или, наоборот, ласкательный оттенок (сравните: «варнак» — «варначиш»). Таким образом, Варякишев — буквально «сын Варякиша», то есть потомок человека с прозвищем Варякиш.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с диалектным глаголом «варякать» (болтать, говорить невнятно, тараторить) или «варакать» (делать кое-как, пачкать). В этом случае Варякиш — прозвище болтуна или неряхи. Однако связь с историческим термином «варяг» выглядит более правдоподобной и распространённой в ономастике, так как фамилии от этнонимов встречаются часто (Немцев, Татаринов, Литвинов).

География фамилии узкая. По данным современных баз, носители фамилии Варякишев (и женская форма Варякишева) сосредоточены преимущественно в Поволжье — в Самарской, Ульяновской областях и в Республике Татарстан. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться именно в этом регионе, возможно, среди служилых людей или крестьян, переселившихся с севера или запада. Фамилия не является дворянской или старинной боярской — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Варякишева — женская форма, образованная по стандартному правилу: от мужской фамилии Варякишев.