Фамилия Варякшин — одна из тех, где внешне простая основа скрывает сразу несколько возможных объяснений. В ней слышится и женское имя, и старинное слово, и даже ремесло. Окончание -ин указывает на принадлежность: «чей?» — варякшин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Варякша (или Варяшка). Разница в написании — Варякшин и Варяшкин — объясняется диалектным произношением: в некоторых говорах «ш» и «к» могли чередоваться или записываться на слух по-разному. Обе формы родственны, и разбирать их стоит вместе.

Самая распространённая версия связывает фамилию с женским крестильным именем Варвара. В переводе с греческого оно означает «чужеземка», а в народной речи давало множество уменьшительных форм — Варя, Варька, Варяша, Варяшка. От последней и возникла фамилия: Варяшка → Варяшкин, а позже, в результате звуковых изменений, и Варякшин. Покровительница имени — святая великомученица Варвара, родившаяся в городе Илиополе (нынешняя Сирия) при императоре Максимине (305–311 годы) в знатной языческой семье. Её почитание на Руси было широким, что делало имя Варвара популярным, а значит, и производные фамилии — нередкими.

Однако основа Варякша могла быть и прозвищем, причём с разными корнями. Владимир Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» приводит слово «вара» — так в некоторых говорах называли холм, небольшую гору, крутой пригорок или, наоборот, овраг. Если человек жил на возвышенности или у оврага, его могли прозвать Варягой или Варяшкой — отсюда и фамилия. Другой вариант: прозвище связано с глаголом «варить». В этом случае Варяшкой называли повара, смоловара или того, кто занимался варкой чего-либо — скажем, мыла или дёгтя. Такие «профессиональные» прозвища часто закреплялись за родом и переходили в фамилии.

Какая из версий правдоподобнее? Точных исторических записей о фамилии Варякшин мало, но суффикс -ин и связь с женским именем Варвара встречаются в русской ономастике гораздо чаще, чем прозвища от диалектного «вара». Поэтому версия с именем выглядит основной, но прозвищное происхождение полностью исключать нельзя — в разных семьях фамилия могла сложиться по-разному. Окончательно определить, откуда пошёл конкретный род Варякшиных, можно только через генеалогическое исследование: поиск по метрическим книгам, ревизским сказкам и переписям.