Фамилия Варыпаева (и её более распространённый вариант Ворыпаев) происходит от прозвища Воропай. Слово «воропай» не встречается в современных словарях русского литературного языка, но учёные выводят его из древнерусского «вороп» — набег, разбой, грабёж. Соответственно, воропай — это разбойник или нападающий. Однако из этого не следует, что предки носителей фамилии промышляли грабежом. На Руси слово «воропай» было личным именем или домашним прозвищем. Родители могли в шутку назвать так непослушного, шаловливого сына: «Ах ты мой разбойничек!» — и это имя закреплялось за человеком на всю жизнь. Со временем отчество от этого прозвища перешло в фамилию.

В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского приводится и другое, менее очевидное толкование: в белорусских говорах «воропай» означало «слепец, слепой». Если принять эту версию, то прозвище могло указывать на физический недостаток или на особенности поведения. Какая из гипотез верна для конкретной семьи — сказать трудно, но обе имеют право на существование.

Форма Варыпаева (с буквой «а» в первом слоге) — это результат диалектного «аканья», когда безударное «о» произносится и пишется как «а». Такое написание закрепилось в документах и паспортах, хотя первоначальной и более точной с точки зрения происхождения была форма Ворыпаев. Обе фамилии — однокоренные и означают одно и то же.