Фамилия Ватошкин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Если не вдумываться, можно решить, что она связана с ватой или ватником, но это ложный след. В русских фамилиях на -кин суффикс -ин, а -к- входит в основу, поэтому искать нужно слово «ватошка» или «ватоха».

Самая вероятная версия: Ватошкин происходит от уменьшительной формы крестильного имени Ватоха, Ватошка. Это производное от канонического имени Иван или, реже, от Ват (Ват — краткая форма от Ватслав, Вацлав, но для русской традиции это экзотика). Иван, самое распространённое имя на Руси, давало сотни уменьшительных: Ваня, Ванечка, Ванюта, Ванюха, и в том числе Ватоха. Механизм такой: от Иван — Ваня — Ватоха (с суффиксом -ох-), затем Ватошка (-ошк-). Сравните: Ванюшка, Ванечка — и Ватошка. Фамилия на -ин указывает на принадлежность: «сын Ватошки».

Второй, менее вероятный вариант — прозвище Ватоха, Ватошка от диалектного глагола «вать» или «ватошить» (в некоторых говорах — болтать, пустословить, делать что-то медленно). В этом случае фамилия отражала бы черту характера или манеру поведения предка. Но первая версия (от имени) правдоподобнее — прозвищные фамилии от таких редких глаголов обычно единичны и не дают такого устойчивого ряда.

Географически фамилия Ватошкин встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда. Известна в центральных областях России (Тверская, Московская, Ярославская), но везде в малом числе. Это типичная «малая» фамилия, не вышедшая за пределы нескольких ветвей.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия избежала типичного для русских фамилий суффикса -ов. Если бы основой было слово «ватка» (от вата), мы бы получили Ватков или Ваткин, а не Ватошкин. Формант -ин с «вставным» -ш- — верный признак происхождения от личного имени или прозвища с уменьшительным суффиксом.