Фамилия Ватрунин — одна из тех, где этимология лежит на поверхности, но таит в себе неожиданный поворот. Самое очевидное, что приходит в голову, — связь с ватрушкой, круглой открытой выпечкой с творогом. Однако в русской ономастике прозвища от названий еды встречаются, но редко и почти всегда имеют переносное значение. Ватрушкой в говорах могли назвать пухлого, круглолицего человека или, наоборот, того, кто любил полакомиться. Но есть и другая, более убедительная версия.

Дело в том, что основа «ватрун» могла быть не кулинарной, а диалектной. В некоторых северных и сибирских говорах «ватрун» — это невысокий, плотный человек, крепыш, а также ленивый, медлительный. Слово «ватра» (огонь, очаг) в украинском и части южнорусских говоров могло породить прозвище «Ватрун» для человека, связанного с огнём, кузнечным делом или просто горячего по характеру. Эта версия сложнее, но лингвистически богаче: суффикс «-ун» в русских прозвищах характерен для деятелей (бегун, крикун, ворчун), поэтому «Ватрун» — скорее человек с каким-то качеством или занятием, а не просто любитель выпечки.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Ватрунин — сын Ватруна. Фамилия образована по самой распространённой в России модели (как Пушкин, Ильин), что говорит о её древности и укоренённости в крестьянской или посадской среде. В официальных документах фамилия зафиксирована в основном в центральных и северных губерниях — Вологодской, Вятской, Костромской. Это косвенно подтверждает диалектную версию, так как именно там бытовали слова «ватра» и «ватрун» в некулинарном значении.

Встречаются и единичные случаи, когда фамилию могли дать по названию местности — например, речки Ватрунки или урочища Ватруново. Но это скорее исключение, чем правило. В любом случае, предок носителя фамилии Ватрунин был человеком с яркой внешностью или характером — плотным, круглым, либо же ленивым и медлительным, а может, и мастером, работавшим у огня.