Фамилия Ватухина — женская форма фамилии Ватухин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или мирским именем Ватуха. Основа здесь — древнерусское слово «вата» или диалектное «ватуха», которое в разных говорах означало «ватага» (группа, артель) или, что более вероятно, относилось к человеку вёрткому, непоседливому, «как вата» — мягкому, но подвижному. В северных и сибирских говорах «ватуха» могла быть прозвищем бродяги или человека, который постоянно меняет место, скитается вместе с ватагой.

Словообразовательная модель проста: к основе «Ватух-» добавлен типичный русский суффикс принадлежности «-ин», который указывает на родство: «чей?» — Ватухин, то есть сын или потомок Ватухи. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Вату́хина, хотя в некоторых регионах могли произносить с ударением на первый. Суффикс «-ин» характерен для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а, -я (как Пушкин, Гагарин), что подтверждает прозвищное, а не крестильное происхождение.

В ономастике встречается и другая версия: связь с тюркским словом «вата» (мальчик, слуга), но она менее убедительна для центральной России, где фамилия бытует преимущественно. Более правдоподобно, что Ватуха — это вариант прозвища Ватага, которое давали либо атаману небольшой артели, либо, наоборот, человеку, который «прибился» к чужой ватаге. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные образования от неканонических имён рассматриваются как типичные для крестьянской среды XVI–XVII веков.

Географически фамилия Ватухины встречается в основном в Центральной России, особенно в Тверской, Ярославской и Вологодской областях — регионах, где были сильны артельные традиции и развито отходничество. Носительницы фамилии Ватухина, вероятно, происходят из семей, где предок был либо участником ватаги (рыболовной, строительной или бурлацкой), либо получил прозвище за свой беспокойный, «летучий» характер. В архивных записях XVII века можно найти упоминания крестьян Ватухиных в писцовых книгах Бежецкого уезда, что подтверждает давнюю историю фамилии в этом регионе.

Таким образом, фамилия Ватухина не связана с каким-то высоким сословием или известным историческим деятелем — она из тех «говорящих» фамилий, которые напрямую описывают род занятий или черту характера предка. Это типичная русская фамилия, образованная от прозвища, и её значение — «принадлежащая Ватухе», то есть потомку человека, которого в деревне знали как Ватуху.