Фамилия Вавилонская — яркий пример того, как прозвище или географическое название превратилось в дворянскую фамилию с характерным книжным оттенком. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, которые образованы от крестильных имён или профессий, здесь основа — библейский топоним Вавилон. Но сразу оговоримся: прямого отношения к древнему городу в Междуречье предки носителей этой фамилии, скорее всего, не имели.

Модель образования указывает на семинарское или духовное происхождение. В XVIII–XIX веках, когда выпускникам духовных училищ и семинарий присваивали «благозвучные» фамилии, часто брали названия из Священного Писания. Вавилон, как символ греха и гордыни, но одновременно и как место вавилонского пленения, был известен каждому семинаристу. Так будущий священник или дьякон мог получить фамилию Вавилонский, а его жена или дочь — Вавилонская. Суффикс -ск- в таких фамилиях типичен для искусственных, «книжных» образований, которые не привязывали человека к конкретной местности, а подчёркивали его принадлежность к духовному сословию.

Есть и более прозаичная версия, хотя она менее распространена. В некоторых говорах «вавилой» могли называть нерасторопного, рассеянного человека или, наоборот, того, кто любит путать, «вавилонить» — говорить сбивчиво. Но если бы фамилия возникла из такого прозвища, она, скорее всего, звучала бы как Вавилов или Вавилин. Форма Вавилонская с её торжественным окончанием выдаёт именно семинарское происхождение. Встречается она в основном в центральных губерниях России, где были сильны духовные школы, и редко — в крестьянской среде.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Вавилов, Вавилин, Вавило — показывает разницу социальных слоёв. Вавилов — самая массовая и древняя, от имени Вавила (разговорная форма от Вавилон). А Вавилонская — более поздняя, «учёная» и редкая. Носительница такой фамилии могла быть дочерью священника, который получил её в семинарии, или женой человека из духовного звания, взявшего фамилию при поступлении.