Фамилия Вавушка — редкий пример, когда суффикс -к- стоит прямо в основе, а не является фамильным окончанием. В русских фамилиях суффиксы -ов, -ин, -ский указывают на принадлежность («чей?»), а здесь мы видим форму, которая сама по себе могла быть прозвищем или уменьшительным именем. Это значит, что перед нами не «сын Вавушки», а сам Вавушка — человек, которого так называли в быту.

Корень фамилии восходит к имени Вава. В старых русских говорах и в украинском языке «вава» — детское слово, означающее боль, ранку или что-то неприятное. Отсюда же пошли диалектные глаголы «вавать» (плакать, ныть) и прозвища для капризных, обидчивых людей. Вполне вероятно, что первого носителя фамилии Вавушка прозвали за плаксивый характер или за то, что он часто жаловался на здоровье.

Есть и вторая, более нейтральная версия. В некоторых регионах (особенно в западных и южных областях России) «вава» — ласковое обращение к ребёнку, почти как «малыш» или «кроха». В таком случае фамилия Вавушка — это «ласкательное от ласкательного»: суффикс -ушк- усиливает уменьшительность. Так могли называть младшего сына, любимца или просто человека невысокого роста, и прозвище закрепилось за его потомками.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии на -ушка (как Дёмушка, Кирюшка) со временем обрастали суффиксами -ин или -ов, превращаясь в Дёмушкин, Кирюшкин. Фамилия Вавушка сохранила исходную краткую форму — это архаичный тип, характерный для прозвищ, которые так и не перешли в разряд «отчества». Встречается такая модель в основном у выходцев из среды, где фамилии складывались стихийно, без участия приказных людей: среди крестьян Черноземья, казаков или мещан западных губерний.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в исторической Слобожанщине. Это подтверждает связь с украинским влиянием, где уменьшительные формы на -ушка особенно распространены. В современном мире фамилия остаётся редкой — её носителей можно пересчитать по пальцам, что только подчёркивает её локальное и, вероятно, однокоренное происхождение от одного общего предка.