Фамилия Вайханский — классический пример фамилии, «привязанной» к месту жительства. Её основа — топоним, то есть географическое название, а суффикс -ский прямо указывает на дворянскую или шляхетскую модель образования: так в Речи Посполитой и Российской империи оформляли фамилии владельцев поместий или выходцев из конкретного села.

Вероятнее всего, родоначальник Вайханских происходил из селения Вайханы (встречается также написание Войханы) в Витебской области, на территории современной Беларуси. Само название села, по одной из версий, восходит к диалектному слову «вайга» — «глубь», «русло». Если это так, то Вайханы могли стоять у глубокого оврага, речной заводи или на месте старого русла. В пользу белорусских корней говорит и типичная для западнорусских земель топонимическая модель: множество фамилий на -ский образовано именно от названий деревень (сравните: Заблоцкий от Заблотье, Островский от Остров).

Менее вероятна, но не исключена версия о происхождении от прозвища Вайхан, которое могло быть связано с личным именем или диалектным словом за пределами известных нам говоров. Однако географическая привязка здесь надёжнее: фамилия редкая, компактно локализована, что типично для «гнездовых» фамилий, возникших вокруг одного поместья или прихода.

Социально носители фамилии Вайханский, скорее всего, относились к мелкопоместной шляхте или однодворцам — потомкам служилых людей, закрепивших за собой землю в этом регионе. В XIX веке часть Вайханских могла перейти в мещанское или крестьянское сословие, но модель фамилии сохранила память о дворянском прошлом.