Фамилия Вайлунова — женская форма фамилии Вайлунов. В русской традиции фамилии на -ов/-ев чаще всего образовывались от имени или прозвища отца, и здесь основа — «Вайлун». Это слово не встречается в современных словарях русского литературного языка, поэтому разбирать его нужно через диалекты и исторические прозвища.

Самая вероятная версия связывает «Вайлун» с глаголом «вайлять» или «валять» — в северных и сибирских говорах так называли человека, который валяет валенки, войлок или шерстяные изделия. Суффикс -ун в русских прозвищах часто указывал на деятеля: «крикун», «бегун», «говорун». Соответственно, Вайлун — это валяльщик, мастер по войлоку. Такая профессия была распространена в крестьянской среде, особенно в регионах, где держали овец и нуждались в теплой обуви и войлоке для хозяйства.

Менее убедительная, но возможная версия — от тюркского корня «вай» (горе, беда) с добавлением русского суффикса. Однако в этом случае фамилия была бы более характерна для южных или восточных регионов, а Вайлуновы встречаются в основном на Русском Севере, в Архангельской и Вологодской областях. География подсказывает, что прозвище родилось именно в среде русских ремесленников-шерстобитов.

Фамилия редкая, недворянская. Скорее всего, предки Вайлуновых были государственными или помещичьими крестьянами, которые занимались валяльным промыслом. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания «вайлунов» как людей, делавших войлок, — но не как фамилию, а как профессию. Окончательно фамилия закрепилась к XIX веку, когда крестьянам стали массово давать фамилии по ремеслу или прозвищу.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду однокоренных: Вайлов, Вайлухин, Вайляев. Но Вайлунов выделяется именно суффиксом -ун, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и придаёт основе оттенок активного действия или характерного признака.