Фамилия Веденеев — одна из тех, где народная речь перекроила церковное имя на свой лад. В её основе лежит имя Венедикт, которое пришло на Русь из латыни: benedictus означает «благословенный». В крестьянском и купеческом быту длинное книжное имя сократили до Венедей — так появилась форма, от которой и пошла фамилия.

Словообразовательная модель проста: к основе Венедей добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — «Венедеев сын»). Со временем безударное «е» в середине слова заменилось на «е» (Веденеев), что закрепилось в написании. Встречается и другой вариант — Венедиктов, но Веденеев звучит более по-русски и встречается чаще.

Первые письменные упоминания фамилии относятся к концу XVI века. В писцовых книгах 1590 года по Мещере и Касимову записаны помещики Веденеевы. Это говорит о том, что уже тогда фамилия была наследственной и принадлежала служилым людям, владевшим землёй.

Известный носитель — Борис Евгеньевич Веденеев (1884–1946), гидроэнергетик, один из руководителей строительства Волховской и Днепровской ГЭС. Его фамилия — прямое указание на предка, которого в миру звали Венедеем, то есть Венедиктом. Так через четыре столетия имя, означавшее «благословенный», превратилось в фамилию инженера, менявшего ландшафт страны.