Фамилия Веденеев — хороший пример того, как церковное имя обрастало бытовыми формами и в итоге закреплялось в документах. В её основе лежит имя Венедикт, которое пришло на Русь с христианством из латыни: benedictus значит «благословенный». В народном произношении имя быстро сократили и переделали: от Венедикта пошли Венедей, Веденей, а от них — фамилии на -ев, в том числе Веденеев. Строго говоря, фамилия образована не напрямую от полного канонического имени, а от его обиходной формы Венедей или Веденей.

В документах фамилия встречается довольно рано. Одно из первых упоминаний — помещики Веденеевы, записанные в 1590 году в Мещере и Касимове. Это говорит о том, что к концу XVI века фамилия уже сложилась и принадлежала служилым людям, владевшим землёй на рязанско-окской окраине Московского государства. Такая география неслучайна: именно в этих краях шло активное формирование помещичьего сословия, и фамилии фиксировались в писцовых книгах раньше, чем в северных или сибирских землях.

В более позднее время фамилия стала известна благодаря Борису Евгеньевичу Веденееву (1884/85–1946), одному из руководителей строительства Волховской и Днепровской ГЭС. В его случае фамилия не указывает на род занятий предков, а лишь передаёт имя основателя рода.

Что касается суффикса, то модель на -ев типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -ей: ср. Андреев, Матвеев, Тимофеев. Притяжательное значение здесь прямое: Веденеев — «сын Веденея», то есть потомок человека по имени Венедей. Споров вокруг корня фамилии почти нет: основная версия — от канонического Венедикт, альтернативные объяснения (например, от диалектного глагола «веденеть» — коченеть) выглядят натянутыми и серьёзной поддержки у ономастов не находят.