Фамилия Вегис — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. С первого взгляда бросается в глаза её нетипичный для русского языка финал: -ис. Это не суффикс в привычном понимании (как -ов или -ин), а характерный признак фамилий балтийского, прежде всего литовского, корня. В литовском языке много фамилий на -is, которые при русификации или записи в документах Российской империи часто получали окончание -ис или -ыс. Так что Вегис — это, скорее всего, литовская фамилия, адаптированная к русскому письму.

Основа фамилии — vėgėlė (лит. «налим»). Эта рыба, известная своей скользкостью и ночным образом жизни, дала прозвище человеку. Прозвище Веге (или Вегис) мог получить либо рыбак, хорошо знавший повадки налима, либо человек с «налимьей» внешностью или характером — например, скользкий, уклончивый или, наоборот, флегматичный и медлительный. В литовской ономастике прозвища от названий рыб — обычное дело, и они не всегда несут негативный оттенок.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, — связь с латышским vējš («ветер») или литовским vėjas (то же значение). Тогда прозвище Вегис могло означать «ветреный», непостоянный человек. Однако фонетически переход от vėjas к Вегис менее прямолинеен, чем от vėgėlė, поэтому версия с налимом выглядит убедительнее.

Встречается фамилия Вегис в основном на западе России и в странах Балтии. В дореволюционных метрических книгах и списках переселенцев её носители — крестьяне и мещане из Ковенской, Виленской и Сувалкской губерний. После Первой мировой войны часть семей с такой фамилией оказалась на территории современной Литвы, часть осталась в России.

Примечательная деталь: фамилия Вегис почти не имеет «русских» аналогов. Если бы её пытались адаптировать по модели -ов, получился бы Вегисов — и такая форма действительно встречается, но крайне редко. Сама же «чистая» форма без суффикса указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятно, не был крепостным в великорусских губерниях, а происходил из среды литовского или жемайтийского крестьянства, где фамилии закрепились позже и по иным правилам.