Фамилия Велихер звучит нехарактерно для русской среды — в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. В глаза бросается конечное -ер, которое почти не встречается в исконных русских фамилиях, но широко представлено в немецких, еврейских и прибалтийских. Скорее всего, перед нами фамилия, попавшая в русский обиход извне, причём не в результате перевода, а в исходном звучании.

Самая вероятная версия — немецкая или еврейская (ашкеназская) основа. В немецком языке слово «Welcher» означает «который», но вряд ли фамилию дали по вопросительному местоимению. Гораздо убедительнее связь с диалектным или профессиональным прозвищем. В южнонемецких говорах «Welcher» могло обозначать выходца из определённой местности, например, из Вельса (Wels) в Австрии или из Вельхена (Welchen) — так называли романское население. В еврейской ономастике фамилия Вельхер (Velkher) фиксируется у выходцев из Восточной Европы, иногда как вариант фамилии Волькер — от личного имени Вольф (волк) с суффиксом -ер, указывающим на принадлежность. Переход «Вельхер» в «Велихер» мог произойти на русской почве из-за аканья или описки в документах.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — славянская. Если отбросить конечное -ер, остаётся корень «Велих-», который можно сопоставить с древнерусским именем Велих или Велиша. Такие имена встречаются в новгородских берестяных грамотах: Велих — сокращение от Велислав, Вельямин или Велимир. Суффикс -ер в этом случае мог появиться как результат полонизации или германизации фамилии при переписи в западных губерниях Российской империи, где польские писари добавляли -ер к славянским основам по аналогии с немецкими фамилиями. Однако это скорее исключение, чем правило.

По географии бытования фамилия Велихер в дореволюционной России встречается в основном в черте оседлости — в Волынской, Подольской, Киевской губерниях, а также в Царстве Польском. Это косвенно подтверждает еврейское или польско-немецкое происхождение. В советское время носители фамилии расселились шире, но массовой она не стала: по данным переписей XX века, Велихеров в стране насчитывались единицы.

Что касается социального статуса, то фамилии на -ер в Российской империи чаще носили мещане, ремесленники, аптекари, приказчики — то есть люди, не принадлежавшие к крестьянскому сословию, у которого преобладали фамилии на -ов. Если предки Велихера были евреями, то фамилия могла быть присвоена при переходе от патронимической системы к постоянным фамилиям в начале XIX века, часто по названию города или профессии. Если же корни немецкие, то предки могли быть колонистами, приглашёнными Екатериной II, или ремесленниками, осевшими в городах.

Однозначного ответа на вопрос, откуда пошла фамилия Велихер, нет — слишком редкая и неоднозначная. Но ясно одно: её носители вряд ли были крестьянами, а сама фамилия пришла в русский язык из немецкой или еврейской среды, возможно, через западные губернии.