Фамилия Вифлянцов — редкий случай, когда географическое название просматривается почти без искажений, но механизм его превращения в фамилию неочевиден. Основа здесь — «Вифлянд», искажённое «Лифлянд», то есть Лифляндия. Так в Российской империи называли часть современной Латвии и Эстонии (территория бывшей Ливонии). В просторечии начальное «Л» часто отпадало или заменялось на «В»: лифляндец превращался в вифляндца. Человека, пришедшего оттуда или имевшего с регионом устойчивую связь, могли прозвать Вифлянц или Вифляндец. К этой основе добавился патронимический суффикс -ов, стандартный для русских фамилий: «чей?» — Вифлянцов, то есть сын Вифлянца.

Суффикс -ц- в середине фамилии необычен: он указывает на то, что прозвище было образовано по модели «житель + -ец» (лифляндец → вифляндец → Вифлянц). Это типично для прозвищ по месту исхода, но редко закрепляется в фамилиях без дополнительного упрощения. Вероятно, первоначальная форма звучала как Вифляндец, а затем конечное -ец редуцировалось до -ц, что дало более удобную для склонения основу. В документах XIX века фамилия могла писаться через «е» — Вифлянцев, но современное написание с «о» под ударением закрепилось под влиянием произношения.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Псковская, Новгородская, Ленинградская области, а также к регионам, куда в XVIII–XIX веках переселяли выходцев из Прибалтики (например, на Урал и в Сибирь). Сословно носители могли быть как крестьянами, так и мещанами или купцами — прозвище не несло социальной окраски, только указывало на чужеродное происхождение предка. Встречаются и однокоренные варианты: Вифлянцев, Вифлянский, Лифляндов — все они восходят к тому же балтийскому топониму.

Поскольку фамилия не массовая, в исторических записях она почти не фигурирует в списках дворянства или известных родов. Её носители — скорее потомки тех, кого в XVIII веке записывали как «лифляндцев» в переписных книгах, а затем прозвище закрепилось за целым родом. Спорных версий происхождения здесь немного: попытки связать фамилию с литовским «vyti» (гнать) или немецким «Wifland» (гипотетическое личное имя) не выдерживают критики, так как не объясняют ни суффикса -ц-, ни устойчивой ассоциации с Лифляндией в русской диалектной среде.