Фамилия Вифляева — редкий случай, когда основа настолько затемнена, что даже опытный ономаст остановится. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ев, указывающий на русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или -й. Но сам корень «Вифл-» в русском языке не встречается ни в бытовой лексике, ни в древних именах.

Самая вероятная версия — фамилия образована от топонима Вифлеем. В русской народной традиции библейские названия нередко переиначивались: Вифлеем превращался в Вифляй, Вифлей, Вифля. Так могли прозвать человека, побывавшего в паломничестве в Святой земле, либо того, кто родился на Рождество или в день памяти, связанный с Вифлеемом. Слово «Вифляй» в говорах могло закрепиться как прозвище, а от него уже пошла фамилия Вифляев (женская форма — Вифляева).

Вторая гипотеза — связь с диалектным глаголом «вифлять» или «вихлять». В северных и сибирских говорах «вихлять» означало «ходить вразвалку, шататься, кривляться». Если предок получил прозвище Вифля за неуклюжую походку или манеру поведения, то фамилия могла принять форму с оглушением корня: Вифляев. Однако эта версия слабее — оглушение «х» в «ф» в живой речи встречается редко, а без письменных фиксаций утверждать её сложно.

География фамилии узкая, но показательная. По данным переписей, Вифляевы встречаются в Волгоградской области, на Дону и в Ставрополье — регионах, где исторически селились старообрядцы и казаки, часто державшиеся за библейские имена и названия. Встречается и написание с двумя «ф» — Виффляева, что может быть поздним искажением при записи в метриках.

Таким образом, с высокой долей вероятности фамилия Вифляева восходит к библейскому городу Вифлеем через прозвище Вифляй. Это редкий случай, когда церковная книжность отразилась в крестьянском прозвище, а не в календарном имени.