Фамилия Вифлянцевы — один из тех редких случаев, когда основа слова почти наверняка указывает на конкретное занятие предка, но с географическим искажением. Если отбросить суффикс, перед нами «вифлян(ец)». Это не что иное, как старая, простонародная форма названия жителя Лифляндии — исторической области на территории современных Латвии и Эстонии. В русских документах XVI–XVII веков лифляндцев нередко называли «вифлянцами» или «вифляндами»: буква «л» в начале слова заменялась на «в» под влиянием диалектного произношения или при передаче через польское посредство (польск. «Inflanty»). Так что первый носитель фамилии, скорее всего, был выходцем из этих мест — либо переселенцем, либо пленным, либо человеком, торговавшим с Прибалтикой.

Суффикс «-ев» указывает на традиционную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Вифлянцев», то есть сын или потомок Вифлянца. Фамилия образована не от крестильного имени, а от прозвища по месту происхождения. Такие «географические» фамилии в России давали не только знатным, но и крестьянам, солдатам, посадским — любому, кто выделялся чужеродным корнем. Вифлянцевы не могли принадлежать к высшей аристократии: в дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается, а её носители традиционно фиксировались в среде однодворцев, мещан и крестьян южных и центральных губерний.

Есть и более редкая, бытовая версия: в некоторых говорах «вифлянцем» могли в шутку называть человека с «немецкими» замашками или просто щеголя, подражающего иноземцам. Но это уже вторичное осмысление. Основной, документально подтверждённый след ведёт именно к Лифляндии. Сравните с однокоренными фамилиями: Лифлянцев, Инфлянтов — они встречаются реже, но построены по той же модели и указывают на тот же регион.

Сейчас фамилия Вифлянцевы — большая редкость. Её можно встретить в Ростовской, Воронежской областях и в некоторых районах Поволжья. Именно там в XVII–XVIII веках селили выходцев из Прибалтики и пленных «лифляндцев», которые постепенно русифицировались, сохранив в фамилии память о своей далёкой родине.