Фамилия Вильгоненко — яркий пример украинской модели образования фамилий, которая сразу выдает географию своего происхождения. Суффикс -енко, типичный для восточных и центральных областей Украины, изначально означал «маленький» или «сын»: Вильгоненко — это «сын Вильгона» или «маленький Вильгон». В XVII–XVIII веках такие фамилии стали массово закрепляться за казаками и крестьянами, вытесняя прозвища.

Сложность и главная загадка фамилии — в основе Вильгон-. Она не имеет прямого и очевидного значения в русском или украинском языках. Наиболее вероятная версия связывает её с польским или западнославянским влиянием. В польском языке есть слово wilga (иволга) и прилагательное wilgoci (влажный, сырой), но фонетически ближе корень wilg-, который мог лечь в основу прозвища. Однако куда правдоподобнее, что Вильгон — это адаптированная форма немецкого имени Wilhelm (Вильгельм). В польской традиции оно нередко принимало форму Wilgoń или Wilgom, а при переходе в украинскую среду обросло типичным суффиксом. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть человеком по имени Вильгельм (возможно, немецкого или польского происхождения), которого в украинском селе прозвали Вильгоном, а его детей — Вильгоненками.

Встречается фамилия неравномерно. По данным современных телефонных справочников и баз, наибольшая плотность носителей — в Черкасской и Кировоградской областях Украины, что косвенно подтверждает её формирование в среде украинского казачества на Правобережье. В России фамилия редка и встречается в основном на юге, куда переселялись малороссы.

Любопытная деталь: в некоторых документах XIX века фиксируется вариант написания Вильганенко (с буквой «а» во втором слоге). Это может указывать на «акающее» произношение в южных говорах или быть результатом ошибки писаря, который записывал фамилию на слух. Такие разночтения — обычное дело для фамилий, чья основа была чужда местной письменной традиции.

Сословная принадлежность Вильгоненко, скорее всего, была крестьянской или казачьей. Дворянских родов с этой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Фамилия не получила широкой известности, и её носители не оставили заметного следа в истории, что типично для фамилий, образованных от личного прозвища или имени конкретного человека, а не от названия профессии или места.