Фамилия Вилинскис — почти наверняка литовского происхождения. Её выдает характерный суффикс -скис (-skis), который в литовском языке соответствует польскому и русскому -ский. В Литве такие фамилии часто указывали на происхождение человека из определённого места: от названия деревни, усадьбы или города. Основа Вилин- прямо отсылает к Вильнюсу (лит. Vilnius). Таким образом, первый носитель фамилии Вилинскис — это человек, который пришёл из Вильнюса или его окрестностей, либо его предки были оттуда родом.

В польской традиции похожая фамилия звучала бы как Вилинский, в белорусской — Вілінскі, а в литовской, с её окончанием, — Вилинскис. Такое написание (с -ис на конце) характерно для литовских фамилий мужского рода в именительном падеже. В бытовой речи, особенно в русскоязычной среде, окончание могли «съедать» или адаптировать, но в документах сохранилась исходная литовская форма.

Стоит отметить, что Вильнюс — один из древнейших городов региона, и прозвище «виленец» было распространено. Однако фамилия Вилинскис вряд ли относится к очень древним: массово литовские фамилии с суффиксом -скис/-цкис закрепились в XIX веке, в период ревизий и паспортизации, когда крестьянам и мещанам начали официально присваивать фамилии по месту жительства или происхождения. Так что предок, скорее всего, был не шляхтичем, а человеком из простонародья, которого записали по месту его выхода.

Встречается фамилия и в Латвии, и в Польше, но её литовский корень остаётся главным. Если искать однокоренные фамилии, то это Виленский, Вильнюсский, Вильнёв — все они говорят об одном и том же: о связи с Вильнюсом.