Фамилия Вилинский, вероятно, представляет собой фонетический вариант фамилии Виленский, которая восходит к названию города Вильно (Вильна). Такое название носил Вильнюс — столица Литвы, в то время, что он находился в составе Польши, а затем России. Своё название город получил по названию протекающей через него реки Вильня. Название же реки предположительно восходит к литовскому слову vilnis — «волна». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Виленский, со временем получил фамилию Вилинский.