Фамилия Вилин происходит от прозвища Виля. По одной из версий, в его основе лежит слово «вилюга», которое в «Толковом словаре живого великорусского языка» В. Даля указано в значении «хромой» и зафиксировано в Курской области. Если это так, основатель рода Вилиных мог быть уроженцем этих мест, а его прозвище — указывать на хромоту.

Другое объяснение связывает прозвище с глаголом «вилять». Такое прозвище могли дать человеку с характерной походкой или уклончивым, изворотливым нравом. Третья версия возводит прозвище к слову «вилы» — в переносном смысле так могли говорить о ногах, нижней части тела, или даже о рте. Какая из гипотез вернее, сказать сложно, но все они описывают внешнюю или поведенческую особенность предка.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Фамилия Вилин буквально означает «сын Вили» или «потомок Вили». По такой же схеме образованы десятки фамилий от прозвищ и нецерковных имён, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия нечастая, но встречается в разных регионах, и её носителям стоит обратить внимание на курский след — возможно, именно там стоит искать корни рода.