Фамилия Вилкауша звучит для русского уха необычно, и это закономерно: её корни лежат не в славянской, а в балтийской языковой среде. Это, скорее всего, фамилия латышского или литовского происхождения, адаптированная в русской записи. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ин, здесь мы видим основу, характерную для прибалтийской ономастики.

Разбираем основу. В латышском языке слово «vilks» означает «волк». Суффикс «-ауш» (в латышской записи -ausis) — распространённый патронимический или прозвищный формант, указывающий на принадлежность или характерный признак. Таким образом, «Вилкауша» (латыш. Vilcausis или Vilkaūsis) буквально переводится как «Волчий» или «Сын волка». В литовском языке аналогом было бы «Vilkas» с похожими производными.

Вероятнее всего, прозвище Вилкауша в XV–XVII веках получил человек, чем-то напоминавший волка: возможно, суровым нравом, одиночеством, рыжеватым цветом волос или внешним сходством. В балтийской мифологии волк был не только опасным зверем, но и символом силы и воинской доблести, так что прозвище могло быть и почётным.

На территорию Российской империи фамилия попала вместе с жителями Курляндской, Лифляндской или Ковенской губерний. После присоединения Прибалтики в XVIII веке многие латыши и литовцы получали паспорта и записывались в метрические книги именно с такими фамилиями. Русские чиновники часто записывали балтийские фамилии на слух, поэтому окончание «-а» могло закрепиться как русское окончание женского рода, хотя в оригинале фамилия была мужской. Из-за этой особенности сегодня Вилкауша может восприниматься как неизменяемая фамилия, что нередко вызывает путаницу при склонении.

Схожие по модели фамилии — Калнауша (от «kalns» — гора), Лейтауша (от «leitis» — литовец). Все они указывают на довольно узкий ареал происхождения — западную часть исторической Латвии или приграничные районы Литвы. В современной России фамилия встречается редко, преимущественно на северо-западе и в Сибири, куда переселенцы уезжали в ходе столыпинской реформы.