Фамилия Вильшенкер — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Строение фамилии нетипично для русской модели: суффикс -кер указывает на немецкую или идишскую основу. В немецком языке суффикс -er обозначает профессию или жителя местности, а в идише — часто служит тем же целям в фамилиях ашкеназских евреев.

Ключ к разгадке — корень «Вильшен-». Он почти прозрачно соотносится с топонимом Вильша (Wilcza) или Вильшен (Wilschen). На карте Восточной Европы есть несколько мест с похожими названиями, но самое вероятное — это город Вильша (ныне Wilcza) в Силезии, исторической области на границе современной Польши и Чехии. В немецком произношении «Wilschen» звучало бы близко к «Вильшен». Фамилия могла означать «тот, кто родом из Вильши» или «житель селения Вильшен».

Менее вероятная, но допустимая версия — профессиональная. Немецкое слово «Wilsch» (устаревшее) могло означать «чужеземец» или «итальянец» (ср. welsch), но для фамилии такой корень маловероятен. Также есть версия от идишского «вильш» (желание, воля) с суффиксом -кер, что дало бы значение «желанный», но это уже натяжка.

Исторически Вильшенкеры — это, скорее всего, выходцы из немецкоязычных или еврейских общин Силезии, которые в XIX веке могли мигрировать на восток, в том числе в Российскую империю. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители, вероятно, происходят из одной локальной группы или даже одной семьи. В современной России фамилия встречается редко, что только подтверждает её узкое географическое происхождение.