Фамилия Витнин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, стоит присмотреться к суффиксу. Окончание -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Витнин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Витня. Сама основа «Витн-» в русском языке не встречается ни как полное имя, ни как распространённое прозвище. Это первый намёк на то, что корень, скорее всего, не славянский, а заимствованный.

Самый правдоподобный вариант — связь с личным именем Вит, которое в прошлом бытовало в западных и южных землях. Вит — это сокращённая форма от полных имён Виктор, Виталий или Витольд. В польской и белорусской традиции такие усечённые имена часто становились основой для фамилий: Вит, Витек, Витусь. От формы «Витня» (возможно, ласкательной или обиходной) и пошёл Витнин. Географически фамилия могла закрепиться на территориях, где пересекались русское, белорусское и польское влияние — например, в Смоленской, Брянской или западных областях современной России.

Есть и другая, более редкая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища, связанного с диалектным словом «витень» — так в некоторых говорах называли кнут или плеть. Тогда Витня — человек, который их делал или часто ими пользовался (например, погонщик). Но эта гипотеза слабее: слово «витень» не даёт естественной формы «Витня», а суффиксальная цепочка выглядит натянутой.

В любом случае, фамилия Витнин — не массовая. Она не фиксируется в старых боярских списках или переписях крестьян центральной России. Скорее всего, её носители — выходцы из западнорусских или польско-литовских земель, где усечённые имена давали компактные и звучные фамилии. В современном русском языке она воспринимается как исконная по форме, но редкая по корню, что и делает её поиск для носителя делом небыстрым и требующим обращения к региональной истории.