Фамилия Витушкин — метронимическая, то есть образована от женского имени. В основе лежит просторечная форма крестильного имени Виктория — Витуша или Витушка. Латинское Victoria означает «победа»; в римской мифологии Виктория — богиня победы, которой на Палатине воздвигли храм, а в курии сената — алтарь. На монетах императорской эпохи её изображали как олицетворение военного успеха конкретного правителя.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Витушкин — «сын (или потомок) Витушки». Исходное прозвище Витушка, скорее всего, было ласково-уменьшительным обращением к женщине по имени Виктория. В русской традиции от женских имён фамилии давали реже, чем от мужских, и обычно в тех случаях, когда мать играла ключевую роль в воспитании или оставалась единственной кормилицей в семье — например, после смерти мужа или при вдовстве. Так что носитель фамилии Витушкин, вероятно, происходил из семьи, где родство вели по материнской линии.

Иногда основу путают с глаголом «вить» или словом «витушка» (завиток, спираль), но для прозвища такой вариант маловероятен: прямое значение «вить» не даёт устойчивого личного имени. Поэтому версия с женским крестильным именем остаётся основной и наиболее убедительной.